De fire Turtle-brødre har levet en beskyttet tilværelse i New Yorks kloakker uden kontakt til menneskene over dem. Det bliver der vendt op og ned på nu. Deres nye ven April O’Neil hjælper dem i kampen op mod et mystisk forbrydelsessyndikat. Men det bliver sværere end som så, for en mutanthær er i lige i hælene på dem.
